梭菌在成人的糞便中

梭狀芽孢桿菌屬厭氧細菌屬，其中一些屬於胃腸道正常微生物群的一部分，即女性生殖道。另外，有時這些微生物存在於皮膚表面和口腔中，但它們居住的主要地方是腸。

在成人健康人的糞便中，梭菌的含量不得超過105cfu / g。糞便對梭菌的細菌學檢查可用於臨床症狀的患者，如：

糞便對梭菌的細菌學研究是在排泄物分析糞便菌群的過程中進行的，其允許確定哪些微生物和以何種量存在於人腸中。結果的可靠性很大程度上取決於研究材料收集的正確性。

梭菌的危害

大多數梭菌屬物種不是致病性的並參與蛋白質的加工。結果，釋放有毒物質吲哚和分散物，其以少量刺激腸蠕動並促進糞便通過。但隨著胃腸道梭狀桿菌數量的增加，這些有毒物質的量增加，這可能導致發生諸如腐敗性消化不良等病狀。

某些類型的梭狀芽孢桿菌是危險的，會導致可導致死亡的嚴重疾病：

隨著肉毒中毒和破傷風，神經系統和肌肉組織受到影響。氣性壞疽是傷口過程的一種並發症，其中身體由於受影響的分解產物而迅速中毒組織。

產氣莢膜梭狀芽孢桿菌（Clostridia perfringens）是氣體壞疽的致病因子，當食用受感染的食物時也會導致身體中毒。梭狀芽孢桿菌產生毒素，這是中毒發生的主要因素。

可導致這些微生物的另一種疾病是與抗生素相關的腹瀉。這種疾病是由於服用抗生素而產生的，這些抗生素不僅抑制致病性，而且抑制正常的腸道微生物群落。結果，梭菌（以及其他致病菌）的數量增加。